課程設置可以體現(xiàn)出一個學院的培養(yǎng)方案是否合理。為滿足社會經(jīng)濟發(fā)展需求，清華大學企業(yè)家總裁班課程強調(diào)整合性和決策導向，強調(diào)密切聯(lián)系實際和面向國際競爭環(huán)境。清華大學企業(yè)家總裁班課程設置的基本原則是在遵循企業(yè)家總裁班培養(yǎng)的一般規(guī)律并保持區(qū)域特色的基礎上，充分結(jié)合本土企業(yè)的管理實踐，力求體現(xiàn)本校優(yōu)勢學科特色。本校企業(yè)家總裁班課程分為必修課和選修課兩個模塊。

必修課包括：社會主義經(jīng)濟理論與實踐、商務英語與溝通。

核心課包括：會計學(或財務報表分析)、公司財務管理、戰(zhàn)略管理、管理經(jīng)濟學、組織行為學、企業(yè)社會責任與商業(yè)倫理、數(shù)據(jù)模型與決策、營銷管理、人力資源管理、領導學等，此部分課程至少修6門。

選修課主要有：項目管理、運營管理、技術創(chuàng)新管理、創(chuàng)新與變革管理、知識管理、危機管理、風險管理、項企業(yè)研究方法、管理溝通與談判、商業(yè)倫理、目投資與融資決策、商法、國際金融、企業(yè)政策、公司治理、商業(yè)模式等。

以上所有課程至少要選擇16項，且課內(nèi)總學時不得少于500學時，學員可根據(jù)自身需求及社會、經(jīng)濟發(fā)展適當調(diào)整選修課程。另外需要注意的是，要想獲得進行論文開題論證的資格，至少要修滿20學分。